1、避免污染：取样过程中应避免与水等环境的不良因素影响，防止样品被污染。同时，取样人员应穿着适当的防护衣、手套和口罩，以减少对样品的污染。

2、随机取样：对采集的样品一般要求随机取样，以确保样品的代表性。若怀疑最有可能受病原体污染或者带有病原体的样品，可以进行选择取样。

根据样品种类取样：

1、包装食品：对于直接食用的小包装食品，尽可能取原包装，直到检验前不要开封，以防污染。对于桶装或大容器包装的液体食品，取样前应摇动或用灭菌棒搅拌液体，尽量使其达到均质。对于固体食品，应从几个不同部位用灭菌取样器取样。对于冷冻食品，应从几个不同部位用灭菌工具取样，并保持样品处于冷冻状态。

2、散装样品：散装样品必须从多个点取大样，且每个样品都要单独处理，在检测前要彻底混匀，并从中取一份样品进行检测。

3、液体样品：液态产品一般盛放在大罐中，取样时，可连续或间歇搅拌，使其完全混匀。较大的样品要放在已灭菌的容器中送往实验室。

4、固体样品：依所取样品材料的不同，所使用的工具也不同。肉类、鱼类或类似的食品既要在表皮取样又要在深层取样。深层取样时要小心不要被表面污染。

5、表面取样：通过惰性载体（如清水、拭子、胶带等）可以将表面样品上的微生物转移到合适的培养基中进行微生物检验。取样后，应尽早将微生物转接到适当的培养基中。